提到屋頂綠化的排水方式，至關重要的原則就是利用整個屋面現有的排水系統，無論設計中使用的是排水溝、雨水斗、落水系統還是虹吸排水，在設計中都盡量不要破壞屋面排水的整體性，盡量避免地表徑流的方式排水。廣泛使用的是塑料制品的蓄排水系統，這種產品的好處就是排水迅速，在屋面上不會形成積水，有利于植物生長。和傳統的陶粒卵石排水相比，不但排水層厚度減小了，而且重量方面也減小了很多，減輕了屋面的荷載。

  很多時候設計人員喜歡將道路鋪裝上的水排向周邊的綠地，如果遇到暴雨的時候，綠地上的排水系統將承受雙倍的排水壓力，同時一些枯樹枝或落葉等還容易堵塞排水口。同樣道理，如果降雨不能迅速排掉必將屋面變成一片汪洋，這也是為什么很多時候建議整體鋪裝屋頂綠化系統更有利于排水通暢的原因。

  對于屋檐設置的落水系統和虹吸式排水稍微會復雜一些，需要計算屋頂排水量和匯水面積，以便檢驗屋面排水系統是否可以承受暴雨的考驗。參照《建筑給排水設計手冊》，然后設計人員參照所選用的蓄排水產品的排水量進行計算，看看所選用的產品是否能夠滿足要求。

  多數產品只有排水功能而沒有蓄水功能。其實對于屋頂花園來說，蓄水能力和排水能力同樣重要，因為暴雨是對屋頂綠化系統的一個很大的考驗，好的蓄水能力可以減小暴雨對屋面排水系統的巨大壓力，同時還可以儲存一部分水分作為植物的養分，所以設計師可以選擇一些具有良好排水性并且能夠儲存一部分水分的排水系統。